Intolerancia surgió en 1999 como una revista quincenal dirigida hacia un público político. Su irreverente estilo periodístico dio origen a que dos años después la revista se transformase en un diario.

El lunes 7 de mayo del 2001​ los puestos de periódicos de la ciudad de Puebla amanecieron con un periódico formato tabloide, 32 páginas y portada a colores, con un nombre que, al mismo tiempo que designaba una aspiración, la intolerancia como forma de comportamiento crítico ante el poder, también denotaba relación entre un diario y sus lectores.

En mayo del 2002, al cumplirse el primer año del diario, de la portada pueden entresacarse estas líneas de su director:

«De entrada, quisimos hacer un periódico mejor equipado de pasiones que de razones, un espacio donde circularan bofetadas e ideas. No nos ha ido mal. Al contrario: nuestro diario es hoy el paso obligado de la polémica, las confrontaciones y hasta los sainetes.» - Enrique Núñez Quiroz​  

El periódico ha informado el acontecer político ya de once titulares del ejecutivo poblano, durante el ejercicio de Melquiades Morales Flores, Mario Marín Torres, Rafael Moreno Valle Rosas, Antonio Gali Fayad, Martha Érika Alonso Hidalgo, Jesús Rodríguez Almeida, Guillermo Pacheco Pulido, Miguel Barbosa Huerta, Ana Lucía Hill Mayoral, Sergio Salomón Céspedes Peregrina, y actualmente, en el periodo 24-30, Alejandro Armenta Mier.